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022-66387942你知道什么是Sanger雙脫氧鏈終止法嗎?讓我們一起來看看吧!
一、原理
Sanger雙脫氧鏈終止法是第一代測序技術(shù)中最為經(jīng)典的一種。其巧妙的利用DNA復(fù)制原理,利用ddNTP來部分代替常規(guī)的dNTP作為底物進行DNA合成反應(yīng)。在DNA合成時,一旦ddNTP參入到合成DNA鏈中,由于ddNTP脫氧核糖的3’-位碳原子上缺少羥基,而不能與下一位核苷酸的5’-位磷酸基之間形成3’,5’-磷酸二酯鍵,從而使得正在延伸的DNA鏈在此ddNTP處終止。
二、實驗步驟
1. 將待測序測序的DNA片段進行PCR擴增,得到充足的DNA模版用于進行測序。
得到的DNA模板需要進行純化,需要確保去除所有雜質(zhì),包括DNA片段、蛋白質(zhì)、RNA等。
2. 根據(jù)待測序列的特點與實驗要求,設(shè)計一些特定的引物。
一般來說,通用引物的長度以15~30bp為宜。
3. 合成標記物。標記物是指示測序反應(yīng)是否成功的物質(zhì),通常是一種熒光染料或放射性同位素。
4. 將DNA模板、引物、DNA聚合酶和標記物等物質(zhì)混合在一起,進行測序反應(yīng)。
在反應(yīng)過程中,DNA聚合酶將根據(jù)DNA模板中的堿基序列合成新的DNA鏈,同時將標記物結(jié)合到新合成的DNA鏈中。
5. 將反應(yīng)產(chǎn)物進行電泳分離,根據(jù)標記物的不同熒光信號或放射性同位素的存在,確定DNA序列中的堿基排列順序。
在Sanger測序法的基礎(chǔ)上,將熒光信號接收器和計算機信號分析系統(tǒng)替代放射自顯影技術(shù),使用熒光素標記替代32P或35S單一放射性核素標記,打開了DNA測序技術(shù)自動化的大門。
三、Sanger測序法的優(yōu)缺點
優(yōu)點:
1. Sanger是直接對DNA分子進行測序,適用于已知序列的驗證測序、文庫篩選、克隆鑒定、pcr重測序等。
2. 其zui大優(yōu)點在于讀取速度很高、高精確度,而且成本相對很低。相較于化學降解測序法,對于富含G-C的區(qū)域也不會影響測序效果。
缺點:
1. 必須有已經(jīng)序列設(shè)計測序引物,對于未知序列必須構(gòu)建克隆后才能測序,難以實現(xiàn)基因組水平的大規(guī)模測序。
2. 測定堿基序列需要大量wan全相同的DNA拷貝。
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