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022-66387942你知道RNA提取準(zhǔn)備工作及注意事項(xiàng)都有什么嗎?讓我們一起來(lái)看看吧!
一、槍頭和EP管等的消毒滅菌
1. 用去離子水配制0.1%(千分之一)的DEPC(劇毒物),須在通風(fēng)櫥中小心使用,避光密閉4℃保存;
DEPC水是用DEPC處理過(guò)并經(jīng)高溫高壓消毒的純水。經(jīng)檢測(cè)不含RNase、DNase和proteinase。
2. 將槍頭和EP管放入0.1%的DEPC內(nèi),保證槍頭和EP管內(nèi)都充滿0.1%的DEP。
3. 避光、靜置、過(guò)夜(12-24h)
4. 裝槍頭和EP管的盒子不需要用DEPC浸泡,將槍頭或者EP管內(nèi)的DEPC水大致去除干后,裝起,包好
5. 121攝氏度,30min
6. 180攝氏度,干燥數(shù)個(gè)鐘頭(至少3小時(shí)以上)
注意:a、處理DEPC時(shí)需要戴乳膠手套、口罩!b、或者不用DEPC消毒,130℃,90min高壓滅菌(許多實(shí)驗(yàn)室高溫滅菌兩次)
RNA提取注意事項(xiàng)
二、組織 RNA 抽提失敗的現(xiàn)象
RNA降解和組織內(nèi)雜質(zhì)的殘留,關(guān)于降解問(wèn)題,首先看一下為什么從培養(yǎng)細(xì)胞中抽提RNA不容易降解。現(xiàn)有的RNA抽提試劑,都含有快速抑制Rnase的成分。在培養(yǎng)細(xì)胞中加入裂解液,簡(jiǎn)單的混勻,即可使所有的細(xì)胞與裂解液充分混勻,細(xì)胞被徹di裂解。細(xì)胞被裂解后,裂解液中的有效成分立即抑制住細(xì)胞內(nèi)的Rnase,所以RNA得以保持完整。也就是說(shuō),培養(yǎng)細(xì)胞由于很容易迅速與裂解液充分接觸,所以其RNA不容易被降解;反過(guò)來(lái)講,組織中的RNA之所以容易被降解,是因?yàn)榻M織中的細(xì)胞不容易迅速與裂解液充分接觸所致。因此,假定有一種辦法,在抑制RNA活性的同時(shí)能使組織變成單個(gè)細(xì)胞,降解問(wèn)題也就可以徹di解決了。
液氮碾磨就是zui有效的這樣一種辦法。但是,液氮碾磨方法非常麻煩,如果碰到樣品數(shù)比較多的時(shí)候更加會(huì)有此感覺(jué)。這樣就產(chǎn)生了退而求其次的方法:勻漿器。勻漿器方法沒(méi)有考慮細(xì)胞與裂解液接觸前如何抑制Rnase活性這個(gè)問(wèn)題,而是祈禱破碎組織的速度比細(xì)胞內(nèi)的Rnase降解RN 的速度快
電動(dòng)勻漿器效果較好,玻璃勻漿器效果較差,但總的來(lái)說(shuō),勻漿器方法是不能杜絕降解現(xiàn)象的。因此,如果抽提出現(xiàn)降解,原來(lái)用電動(dòng)勻漿器的,改用液氮碾磨;原來(lái)用玻璃勻漿器的,改用電動(dòng)勻漿器或者直接用液氮碾磨,問(wèn)題幾乎 100% 能獲得解決。
三、樣品的收集/保存
影響降解的因素樣品離開(kāi)活體/或者原來(lái)的生長(zhǎng)環(huán)境后,樣品中的內(nèi)源酶即會(huì)開(kāi)始降解 RNA,降解速度與內(nèi)源酶含量及溫度有關(guān)。傳統(tǒng)上,只有兩個(gè)辦法可以徹di抑制內(nèi)源酶活性:立即加入裂解液并且徹di而迅速地勻漿;切成小塊后立即投入液氮冷凍。這兩個(gè)辦法都要求操作快速。后者適合所有的樣品,而前者只適合細(xì)胞及內(nèi)源酶含量較低的并且較容易勻漿的組織。具體地講,植物組織,肝臟,胸腺,胰腺,脾臟,腦,脂肪,肌肉組織等最好都先用液氮冷凍起來(lái),再往下做。
四、裂解液的選擇
影響操作方便程度,內(nèi)源雜質(zhì)殘留的因素常用的裂解液幾乎都能抑制Rnase活性,因此,選擇裂解液的重點(diǎn)是要結(jié)合純化方法一起考慮。只有一個(gè)例外:高內(nèi)源酶含量的樣品建議使用含苯酚的裂解液,以增加滅活內(nèi)源酶的能力。
五、純化方法的選擇
影響內(nèi)源雜質(zhì)殘留,抽提速度的因素對(duì)于干凈的樣品,如細(xì)胞,手邊的幾乎任何純化方法都可以獲得滿意的結(jié)果。但對(duì)于許多其它樣品,尤其是植物,肝臟,細(xì)菌等雜質(zhì)含量很高的樣品,選擇合適的純化方法是至關(guān)重要的。柱離心式純化方法抽提速度快,能有效去除影響RNA后續(xù)酶反應(yīng)的雜質(zhì),但價(jià)格較貴;使用經(jīng)濟(jì)而經(jīng)典的純化方法,如LiCl沉淀等,也可以獲得滿意的結(jié)果,但操作時(shí)間長(zhǎng)。
六、RNase污染的來(lái)源
1. 手指,手指頭是外源酶的第一來(lái)源,所以必需戴手套并且頻繁更換。另外,口罩也必需戴,因?yàn)楹粑彩且粋€(gè)重要的酶來(lái)源。戴手套口罩的另外的好處是保護(hù)實(shí)驗(yàn)人員。
2. 槍頭,離心管,移液器 – 單純的滅菌是不能滅活Rnase的,所以槍頭和離心管要用DEPC處理,即使是標(biāo)明為DEPC處理過(guò)的。移液器最好是專用的,用前用75%的酒精棉球搽拭干凈,尤其是桿子;另外,一定不要使用褪頭器。
3. 水/緩沖液一定要確保無(wú)Rnase污染。
4. 實(shí)驗(yàn)臺(tái)面最起碼要用75%的酒精棉球搽拭干凈。
5. 內(nèi)源Rnase所有組織均含內(nèi)源酶,故組織用液氮速凍是降低降解的最好辦法。液氮保存/碾磨方法的確不方便,但對(duì)有一些內(nèi)源酶含量很高的組織,卻是唯yi的辦法。
6. RNA樣品RNA抽提產(chǎn)物可能都會(huì)含痕量的Rnase污染。
7. 質(zhì)粒抽提質(zhì)粒抽提往往用到Rnase降解RNA,殘留的Rnase要用 Proteinase K消化,PCI 抽提。
8. RNA保存即使低溫保存,痕量的Rnase亦會(huì)導(dǎo)致RNA降解。長(zhǎng)期保存RNA 的最好辦法是鹽/醇懸液,因?yàn)榇荚诘蜏貢r(shí)抑制所有的酶活性。
9. 陽(yáng)離子(Ca、Mg)在含這些離子時(shí),80C加熱5分鐘會(huì)導(dǎo)致RNA被剪切,故如果RNA需要被加熱,保存液需要含螯合劑(1mM Sodium Citrate, pH 6.4)。
10. 后續(xù)實(shí)驗(yàn)所用的酶酶均有可能被Rnase污染。
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